Un 16 de setiembre de 1878, a las 2 de la tarde, el expresidente (y presidente del Senado) Manuel Pardo y Lavalle, ingresaba en coche a la puerta del Congreso. Volvía de la imprenta del diario El Comercio. El teniente coronel Lorenzo Bernales lo recibió en el recinto congresal. Por su investidura, un destacamento del batallón Pichincha le presentó armas. En ese momento, el sargento Melchor Montoya descargó su rifle contra el político, penetrando su pulmón izquierdo e hiriéndolo mortalmente.
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Adán Melgar, uno de sus acompañantes se lanza contra el asesino, mientras la guardia no atina a hacer nada. El asesino huye hacia la Plaza de la Inquisición, pero es apresado por el sargento Juan Vellods. En su agonía, Pardo recibió la extremaunción y al enterarse que su verdugo era un sargento dijo que lo perdonaba. Ya en el juicio, el sargento Montoya declaró ser un lector asiduo del diario «La Patria». Por este medio se enteró de las reformas militares que Pardo impulsaba y que perjudicarían a él y a sus camaradas.
Finalmente, se supo que el crimen fue producto de un complot de los sargentos del batallón Pichincha: Elías Álvarez, Armando Garay, Alfredo Decourt y el propio Montoya. El Congreso estaba a punto de aprobar una ley que iba a impedir su ascenso a la clase de oficial. Así, tramaron iniciar una rebelión sublevando al batallón y asesinando a Pardo, urdiendo con todo detalle el crimen. El asesino fue fusilado un 22 de setiembre de 1880. Con su muerte, el Partido Civil quedaba acéfalo por primera vez.
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Este evento repercutió en clase política del país en un momento de guerra con el país de Chile. Posteriormente, la muerte de Pardo obligó al Partido Civil a tener una dirigencia colegiada, sin una cabeza visible, una práctica inédita en la historia política del país. Algunos estudiosos señalaron que Pardo pudo haber evitado el estallido de la Guerra del Pacífico. Lo cierto es que el Perú perdió a uno de sus líderes republicanos más trascendentes. Inclusive Manuel González Prada, gran crítico de los civilistas, demostró respeto por su legado.
